这是一部相当经典的动画，也是一部至今仍有颇多争议的动画。比如说我对男主角最后的抉择就不敢苟同。
故事是从主人公们高二的时候讲起的。凉宫遥是一个害羞的女孩，高一时她喜欢上了自己的好朋友速濑水月班上的男生鸣海孝之。为了可以接近孝之，她拜托好友速濑去结识孝之。速濑为了帮遥主动和孝之以及孝之的好友平慎二结交，于是四人顺理成章的成了好友。但是在速濑心中，接近孝之的目的也发生了变化。在她看来，和孝之一起的时光总是那么的快乐。转眼四人都是高二的学生了，而遥也决定向孝之表白。面对遥的表白，孝之似乎并不愿接受。因为他更喜欢的是速濑。速濑为成全好友，则竭力和孝之保持距离。最终，孝之接受了遥，两人很快发展成了热恋中的情侣。暑假快结束的一日，赶去和遥约会的孝之碰见了速濑，速濑说起那天是她的生日，于是孝之匆忙买了一枚廉价的戒指送给速濑做礼物。就因为耽误了这点时间，当孝之赶到约会地点时，看见的是围观的人群以及倒在血泊中的遥。。。
三年后，孝之在一家餐馆做侍应，而速濑则成了一名白领。两人过着同居的生活。要说这一切的缘由都是三年前那场交通事故。在那之后，遥一直昏迷着。孝之因为这样的打击而陷入深深的自责。速濑不愿看着孝之颓废的生活，开始无微不至的照顾着孝之。两人心中深埋的爱情的种子也随之萌发。但故事还未结束。某日，遥的妹妹打电话来告诉孝之，遥醒了。
遥的苏醒让孝之和速濑原本平静的生活无法继续。因为心怀愧疚，孝之坚持天天去看望遥。可是昏迷了3年的遥并没有意识到自己已经昏睡了三年。在她的记忆中，孝之是和她热恋着的男友，而速濑也是她最好的朋友。也因此，孝之一直不敢告诉遥真相。
另一方面，速濑越来越无法忍受孝之这种摇摆不定的态度。为了孝之，她已经放弃了一切。所以她害怕有一天会连孝之也失去，那样她就真的一无所有了。于是，她开始和孝之争吵，希望他不要再去看遥。她想看到孝之对她坚定的爱。不堪这种精神折磨的速濑开始滥交，还和孝之的好友慎二发生了关系。。。
而遥也渐渐意识到自己已经昏迷了很久的事实，因为3年前还是短发的她如今已是长发齐肩（这是个人认为本作最有创意的细节）孝之必须做出抉择了。
孝之最后还是选择了速濑，关于这点虽然比较符合常理，但我还是无法接受的。追溯起来的话这一切都是孝之造成的。如果不是他的摇摆不定，这一切都不会发生。既然当初选择了遥，就应该有相守到老的决心。可他最后还是背叛了遥。遥才是最可怜的。
